不纯净的气体作载气，可导致气相色谱仪柱失效，样品变化，氢焰色谱可导致基流噪音增大，热导色谱可导致鉴定器线性变劣等，所以气相色谱仪载气必须经过净化。例如载气中如果含有杂质，可能会污染系统，或在系统中沉积，影响仪器寿命，同时气相色谱仪还可能产生鬼峰等。
气相色谱仪产生故障的可能原因及排除方法：
a. 扫描速度太低，致使每个色谱峰的扫描次数不够，排除方法是提高气相色谱仪扫描速度，尽可能使每个色谱峰的扫描次数大于6次；
b. 气相色谱仪色谱峰太窄，排除方法是改变色谱条件；
c. 气相色谱仪调谐未达到最佳状态，排除方法是重新调谐质谱仪；

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